A Petrobras desenvolve também o Projeto de Revegetação, que tem como objetivo recuperar a flora nativa da Mata Atlântica nas bacias hidrográficas dos rios Macacu e Caceribu. Serão plantadas milhões de mudas de árvores nativas da Mata Atlântica, nas áreas interna e externa do empreendimento, totalizando 4.584 hectares, área maior que a do Parque Nacional da Floresta da Tijuca (3.953 hectares).
Em abril de 2011, foi instalado o Viveiro Florestal do Comperj, numa área de 1100m² dentro do terreno do Complexo. A Petrobras conta com vários parceiros nessa empreitada, como: a Embrapa, que desenhou o projeto conceitual e capacitou cerca de 400 pessoas da comunidade local em cursos semestrais de práticas de silvicultura e artesanato. O projeto também apoia os hortos nos municípios vizinhos ao Comperj para a produção de mudas a serem utilizadas na recomposição vegetal da região. Além disto, a Empresa está realizando cursos de capacitação técnica para o desenvolvimento dos profissionais dos hortos municipais na região.
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